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微波干燥杀菌设备工作原理是利用了电磁场的热效应和生物效应的共同作用的结果。微波对细菌的热效应是使蛋白质变化，使细菌失去营养，繁殖和生存的条件而死亡。微波对细菌的生物效应是微波电场改变细胞膜断面的电位分布，影响细胞膜周围电子和离子浓度，从而改变细胞膜的通透性能，细菌因此营养不良，不能正常新陈代谢，细胞结构功能紊乱，生长发育受到抑制而死亡。此外，微波能使细菌正常生长和稳定遗传繁殖的核酸[RNA]和脱氧核糖核酸[DNA]，是由若干氢键松弛，断裂和重组，从而诱发遗传基因突变，或染色体畸变甚至断裂。
微波干燥杀菌设备的特点
(1)节约能源：常规热力杀菌往往在环境及设备上存在热损失，而微波是直接对食品进行作用处理，因而没有额外的热能损耗。相比而言，一般可节电30-50%。
(2)均匀彻底：常规热力杀菌是从物料表面开始，然后通过热传导传至内部。存在内外温差。为了保持食品风味，缩短处理时间，往往食品内部没有达到足够温度而影响杀菌效果。由于微波具有穿透作用，对食品进行整体处理时，表面和内部都同时受到作用，所以消毒杀菌均匀、彻底。
例如：药品微波干燥杀菌设备主要用于药品的干燥与杀菌处理，药品微波干燥杀菌设备的优势
1、复合结构较现有设备节能10%～20%。
2、多微波管馈送，使干燥室传送带面温度均匀，垂直传送带。方向温度均匀性为±2%，高于国际要求的±4%。
3、微波管价廉且寿命长，可达1年。
4、炉外表面温度低，工人操作环境好，既节能又环保。
5、传送带宽度550mm。
6、传送速度0～20m/min，变频高速。
7、PLC人机界面控制，编程、监控报警。
8、外形尺寸（长×宽×高）约1.52m×1.05m×620m。
9、微波频率（2450±50）MHz。
10、额定输入视在功率≥48kW。
11、微波输出功率≥30kW。
